اتصالات پمپ در قسمت های ورودی و خروجی طوری ساخته می شوند که بالاترین یکنواختی سطوح اتصال را دارا بوده و در نتیجه، از اتصالات متعارف در پمپ های دیگر استفاده نمی گردد. اتصال معمولی، به خاطر دارا بودن ناهمواری های بسیار زیاد در سطوح اتصال و عدم پاکیزگی، بعد از شستشو ایجاد آلودگی می کند.

اغلب در پمپ های هایژنیک از دو مدل اتصال استفاده می شود:

مدل اول اتصالات در پمپ هایژنیک: بیشتر در صنایع غذایی به چشم می خورد و به صورت مهره و ماسوره با دنده های درشت بوده که در ورودی و خروجی پمپ ها به صورت دنده های رو به خارج ساخته می شوند. در نتیجه سطوحی بسیار صاف و یکنواخت در اتصال به وجود می آید.

مدل دوم اتصالات در پمپ هایژنیک: در صنایع دارویی کاربرد فراوان داشته و از بست های کمربندی استفاده می گردد. ورودی و خروجی در این سیستم، به صورت فلنج با لبه های کوچک ساخته می شود که مشابه این فلنج، روی لوله اتصال ساخته شده است. این دو فلنج توسط یک واشر واسط و یک بست کمربندی به هم متصل می گردند.